Como consecuencia de sus luchas y de su incansable labor por la defensa de los derechos de los y las campesinas colombianos, la ANUC ha sido victimizada y señalada. Entre las agresiones y afectaciones sufridas por la ANUC se encuentra el asesinato y desaparición de más de 100 de sus dirigentes, el desplazamiento forzado de sus integrantes, así como la ocupación y despojo del alrededor de 70 casas campesinas que han sido arrebatadas y ocupadas por otros actores. Además, la organización campesina fue víctima de una constante estigmatización que incidió en su fragmentación y ruptura.
El 11 de septiembre de 2014, la ANUC fue reconocida como víctima colectiva e incluida en el Registro Único de Víctimas como organización.
Después del desarrollo de distintos encuentros regionales y nacionales, a finales de 2015 fue aprobado el diagnóstico del daño en el marco del proceso de reparación colectiva a la UNUC y en 2016 se espera avanzar en la construcción del Plan de Reparación Colectiva.
